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호흡 기관은 외호흡을 위해 분화된 기관을 말한다.모세 혈관과 조직세포 사이에서 산소와 이산화탄소가 교환되는 현상을 '내호흡'이라고 한다. 호흡의 결과 생성된 불필요한 이산화탄소는 호흡기관을 통하여 배출되는데 호흡의 참다운 목적은 생물이 살아가는데 필요한 여러 가지 에너지를 내는 내호흡에 있다고 할 수 있다. 그러나 동물의 몸 구조나 생활 장소에 따라, 되도록 효율이 좋은 호흡 기관이 긴 진화의 역사 속에서 각 동물에게 발달해 온 것으로 보인다. 또 세포 내에서는 호흡에 의한 영양 물질의 분해뿐만 아니라, 여러 가지 화학 반응이 이루어지고 있다. 그 결과, 많은 노폐물이 생성되므로 이것을 체외로 배출하지 않으면 안 된다. 아메바 등의 간단한 동물은, 노폐물이 세포막에서 직접 외계의 물로 확산하여 배출되고, 몸 표면으로 산소를 흡수하고 이산화탄소를 내보낸다.호흡시에 가스 교환을 하는 데는 물이 필요하다. 아가미 등의 호흡 기관은 직접 물과 접하고 있고, 공기 호흡을 하는 동물의 호흡 기관도 직접 가스 교환을 하는 부분은 얇은 물의 층에 덮여 있다 예를 들면, 개구리의 피부는 축축하기 때문에 피부 호흡이 이루어진다. 한편, 뱀이나 도마뱀의 피부는 건조하여 피부를 통한 가스 교환이 거의 불가능하나, 허파의 내면은 점막으로 되어 언제나 물의 막으로 덮여 있기 때문에 호흡을 하는 데 지장이 없다. 이 사실은 외계의 산소는 일단 물에 녹은 뒤 체내로 받아들여진다는 것을 말해주고 있다. 산소 소비량이 그다지 많지 않은 하등 동물을 제외하고는, 대부분 동물의 호흡 기관은 산소가 접하는 표면적이 넓어지도록 복잡하게 발달되었고, 보다 능률적으로 산소를 운반할 수 있도록 혈액이나 순환계와 결합하여 발달해 왔다.
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